Der Dreißigjährige Krieg (1618–1648) ging an Weiterode nicht vorbei. Durchziehende Truppen plünderten das Dorf und die Kirche; der Innenraum wurde verwüstet.
Für ein Dorf dieser Größe war das eine existenzielle Erfahrung. Es dauerte Generationen, bis die Kirche wieder in einen Zustand kam, der ihrer früheren Ausstattung entsprach – der gründliche Wiederaufbau begann erst rund siebzig Jahre nach Kriegsende.